プライマーの除去やキメラ配列の除去のために使用するqiime2をconda環境下にインストールする手順を解説します。
私の解析環境
使用機器：MacBook Pro 14インチ (2023)
チップ：Apple M2 Pro
メモリ：32GB
macOS：Sonoma 14.4.1
Qiime2とは
Qiime2とはメタゲノム解析を行うためのプログラムが集まったメタゲノム解析ツールです。
魚類や水棲昆虫を対象にした環境DNA解析では，プライマー配列・キメラ配列の除去やリード数データの成形をQiime2で行います。
Blast検索の手前までの作業をQiime2で行います。
Qiime2のインストール手順
1. はじめに下記コマンドでconda環境を最新版にアップデートします。
conda update conda
2. 公式サイトに記載の通り，下記コマンドを順番に実行してQiime2をインストールします。
wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.2-py38-osx-conda.yml CONDA_SUBDIR=osx-64 conda env create -n qiime2-amplicon-2024.2 --file qiime2-amplicon-2024.2-py38-osx-conda.yml
エラーなく進めば，以下のように表示されると思います。
Terminal 画面
To activate this environment, use
$ conda activate qiime2-amplicon-2024.2
To deactivate an active environment, use
$ conda deactivate
3. 公式サイトに従って，以下のコマンドでQiime2を起動します。
conda activate qiime2-amplicon-2024.2
4. 公式サイトに従って，以下のコマンドでcondarc.の設定値を変更します。
conda config --env --set subdir osx-64
5. 最後に下記コマンドでインストールに使用したymlファイルを削除します。
rm qiime2-amplicon-2024.2-py38-osx-conda.yml
Qiime2の動作確認
下記コマンドでQiime2の動作確認を行いましょう。
qiime --help
エラーなく，下記のように表示されればQiime2は問題なくインストールされています。
Terminal 画面
….
Commands:
info Display information about current deployment.
tools Tools for working with QIIME 2 files.
dev Utilities for developers and advanced users.
alignment Plugin for generating and manipulating alignments.
composition Plugin for compositional data analysis.
cutadapt Plugin for removing adapter sequences, primers, and
other unwanted sequence from sequence data.
dada2 Plugin for sequence quality control with DADA2.
deblur Plugin for sequence quality control with Deblur.
demux Plugin for demultiplexing & viewing sequence quality.
diversity Plugin for exploring community diversity.
diversity-lib Plugin for computing community diversity.
emperor Plugin for ordination plotting with Emperor.
feature-classifier Plugin for taxonomic classification.
feature-table Plugin for working with sample by feature tables.
fragment-insertion Plugin for extending phylogenies.
longitudinal Plugin for paired sample and time series analyses.
metadata Plugin for working with Metadata.
phylogeny Plugin for generating and manipulating phylogenies.
quality-control Plugin for quality control of feature and sequence data.
quality-filter Plugin for PHRED-based filtering and trimming.
rescript Pipeline for reference sequence annotation and curation.
sample-classifier Plugin for machine learning prediction of sample
metadata.
taxa Plugin for working with feature taxonomy annotations.
vsearch Plugin for clustering and dereplicating with vsearch.
Qiime2のディアクティベート
Qiime2の環境から出る場合には，下記コマンドを実行します。
conda deactivate
最後に
Qiime2のインストール手順を解析しました。
次回から実践編に移ってメタバーコーディング解析の具体的なコマンドを解説していきます。